El sistema de Gobierno del Departamento de Ciencias Exactas está inscrito en el sistema de gestión propio de la Universidad. Las funciones y atribuciones están establecidas en el Decreto Universitario N° 4261 de Rectoría “Reglamento de Departamentos Académicos de la Universidad de Los Lagos” , y el Decreto Universitario Nº 909 del 06 de abril de 2023 .
El Departamento de Ciencias Exactas está dirigido y conformado por el Director del Departamento, el Secretario Académico y tres consejeros, representantes de las disciplinas científicas que cultiva y desarrolla el Departamento. De la Dirección Departamental también dependen la carrera de Pedagogía de Educación Media en Matemática y Computación (PMyC) y los Postgrados, Magíster y Doctorado, en Educación Matemática.
