El Consejo del Departamento de Ciencias Exactas se reúne mínimo una vez al mes en sesiones ordinarias y también se reúne en sesión extraordinaria cuando existan situaciones coyunturales que lo ameriten. En las reuniones se definen políticas, estrategias, planes y líneas de desarrollo del Departamento en los diferentes ámbitos de su quehacer.

Este organismo colegiado se encuentra conformado por el Director del Departamento, quien lo preside, el Secretario Académico y tres consejeros. De acuerdo al D.U. 4014 de 2011, y constituye la instancia de toma de decisiones más importante del Departamento. Las funciones de los consejeros son:

• Actuar como cuerpo asesor cuando el Director del Departamento lo requiera, en todas las materias relacionadas con el funcionamiento del Departamento y como cuerpo resolutivo.
• Elaborar el Plan Estratégico y el Plan de Calidad que desarrollará el Departamento, conforme a las políticas de la Universidad de Los Lagos.
• Velar por el cumplimiento de las normas reglamentarias y estatutarias de la Universidad.
• Evaluar el compromiso de desempeño individual de los académicos adscritos al Departamento, de acuerdo a la reglamentación vigente y procedimientos.

Actualmente el Consejo de Departamento de Ciencias Exactas está conformado por:

• Mg. Rigoberto Medina Leyton, Director Departamento.
  
  
• Mg. Mónica Gallardo González, Secretaria Académica.
  
  
• Mg. Carlos Martínez Méndez, Consejero.
  
  
• Mg. Cristian Romo Tregear, Consejero.
  
  
• Dr. Luis Pino Fan, Consejero.